SMP Negeri 13 Kota Bogor berdasarkan riwayatnya adalah SMP Negeri 11 Kota Madya Bogor yang berdiri pada tahun pelajaran 1992/1993 , awalnya SMP Negeri 13 Kota Bogor dikelola oleh SMP Negeri 4 Kota Madya Bogor di Jalan Kartini No. 16, bahkan angkatan pertama (1992) sekolah ini bertempat di sana dibawah pimpinan Bapak H. Yoyo A. Suwaryo. Baru pada Tahun kedua/angkatan kedua (1993) siswa/i nya menempati gedung baru yang terletak di jalan Rangga Mekar – Pamoyanan Bogor.
Pada tahun 1994 SMP Negeri 11 Kota Madya Bogor berubah urutannya menjadi SMP Negeri 13 Kota Madya Bogor bertempat di jalan Rangga Mekar Kecamatan Cijeruk Kabupaten Bogor.
SMP Negeri 13 Bogor memiliki VISI Yaitu :
“Mewujudkan peserta didik yang berimtaq, berkarakter, cerdas dan peduli lingkungan sehingga mampu bersaing secara global”.